土壤微生物大部分對作物生長發(fā)育是有益的，它們對土壤的形成發(fā)育、物質循環(huán)和肥力演變等均有重大影響。其具體作用是：
1、形成土壤結構：有活性的土壤是由固態(tài)的土壤、液態(tài)的水和氣態(tài)的空氣共同組成的，單純的土壤顆粒和化肥所構成的并不是真正意義上的土壤。土壤微生物通過代謝活動加快氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，最終形成真正意義上的土壤。
2、分解有機質：作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料，只有經過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤的結構和耕性。
3、分解礦物質：土壤微生物的代謝產物能促進土壤中難溶性物質的溶解。例如磷細菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。
4、固氮作用：氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態(tài)氮化物。
5、調節(jié)植物生長：土壤微生物與植物根部營養(yǎng)有密切關系。植物根際微生物以及與植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質元素的營養(yǎng)以及有機酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機營養(yǎng)，促進植物的生長。
6、防治土傳病害：土壤中存在一些抗生性微生物，他們能夠分泌抗生素，抑制病原菌的繁殖，防治土傳病原菌對作物的危害。
